進行了某種處理而改變了其微生物正常補充的食品特別容易受環境微生物侵蝕。例如，酸牛奶、乳酪和-奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生長有時也在潔凈室里進行以防止條件性病原孢子生長過度。
果汁
無菌產品已經占領了單包裝（250毫升 ）果汁和飲料市場。這個市場正擴展到其它的產品生產線，包括牛奶飲料、酒、水以及西紅柿產品和一公升大包裝。
奶制品
瑞士的酸牛奶、無菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的臘腸包裝中經常用到無菌處理。
一些大型設施要求100,000級（ISO8和9級）以上。在美國，Jerome乳酪公司在愛達荷州杰羅姆建造了一個3,600萬美元，面積140,000 平方英尺的乳酪和乳清產品廠。該廠有4個主要加熱和通風系統可輸送高達每分鐘130,000立方英尺的過濾效率為95％的空氣，每小時換氣15到20次。車間采用正壓，空氣從加工區向外流。
釀酒廠
釀酒廠發現，為了保護其生啤酒，在填充操作中必須控制環境污染。采用潔凈室進行封閉式填裝作業，天花板上安裝HEPA過濾器，地板帶孔已經成為發展趨勢。
南美哥倫比亞污染控制公司是一家為食品、工業區建造清潔環境的專業公司。該公司在設計中為啤酒、果汁和汽水無菌填裝工藝增加了ISO 5級（100級）和ISO 6級（1,000級）潔凈室。
傳統系統中隧道式巴氏消毒法對產品進行各種高溫處理，得到的產品在物理特性上發生變化。相比之下，對受控巴氏消毒法的無菌充裝采用較低熱處理，可在幾方面改進產品的質量。
在啤酒方面，可改進感官特性，例如香氣味風格和新鮮度。還可提高多數產品的穩定性，延長儲存期。而用于果汁，則避免了象管道巴式消毒法那樣受到長時間高溫處理，因而沒有造成營養損失。結果，香味、口味及顏色等感官性能都得到改善。
肉類加工
美國聯邦農業部一項研究表明，美國的即食肉制品差不多有5％都感染了單核細胞增多性李氏菌（Listeria monocytogenes），一種可以使人致命的食物傳染病菌，可導致敗血癥、腦膜炎或腦膜腦炎（meningo-encephalitis）——一種影響大腦和脊髓組織的疾病。對于孕婦來說，李氏菌屬可引起胚胎夭折和死產。 即食肉制品市場的擴大是增加對潔凈室技術需求的一個因素。瑞典是這一領域的先行者。
面包房
面包房現在正逐漸接受潔凈室技術。日本有許多這種例子。受神戶市的Nada Ward合作機構委托，Chiyoda建筑公司設計了一座通用食品廠。這一工廠有3000m2的建筑面積，是神戶市Rokko島上一個8層高的建筑，它使用了清潔技術。這個工廠生產幾種面包、糖果、大豆豆腐、面條和幾種傳統的日本食品。
糖果工業采用了生物潔凈室技術。新的、越來越復雜的、包裝新穎的糖果產品增加了對受控環境的需求（溫度、濕度、細菌的水平，等等），以及生產過程的自動化，以便保證良好品質和耐久性。
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半導體工業已經越來越多地使用隔離器以提供ISO 4級（10級）或者更好的局部環境。現在隔離器供應商，例如LaCalhene，在報告中提到，食品飲料工業也采用這項技術，有下列理由：
衛生學——隔離器提供無菌環境，保護產品使其免受來自環境和操作者的污染，免受病原微生物和變異微生物的侵害。
銷售——使用隔離器意味著不用借助于傳統的防腐工藝就可以生產出自然的、無防腐劑的產品，因此，質地和產品的味道都不會受影響。
節省成本——使用隔離器可降低超凈裝置的安裝和運行成本，延長產品儲存期。最普遍和頻繁應用的是產品在無菌條件下配料、切片、填裝和傳送。 隔離器可以用在消毒生產線、試驗裝置和R&D實驗室里。最直接受影響的領域是易腐的飲料、奶制品、冷肉和海鮮、半成品菜、面包房和糕餅，以及鮮品的包裝。
食品飲料工業凈化工程潔凈車間成本隨清潔要求而不同。幾乎沒有ISO 3級和4級（1和10級）裝置。ISO 5級（100級）潔凈室成本是ISO 6級（1,000級）潔凈室的兩倍。成本隨清潔要求的降低（見表2）而大大減少。只有一小部分食品潔凈室利用了ISO 5級（100級）空間。真正經常使用ISO 5級標準的是在諸如填裝生產線那樣的小區域。因此，根據區域而進行的空間劃分對更高級影響很大。
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